Az általánosan elterjedt közhiedelem szerint, bérgyilkosok a feudális Japánban. Azok a történészek, akik a szigetország történelmét tanulmányozzák, sem igazán tudnak arról megegyezni, hogy pontosan mikor jött létre és kikből is állt a ninják közössége. Mivel ezek az emberek szerettek a háttérben lenni és az aktuális hatalom számára láthatatlannak maradni, így nem sok írásos anyag maradt fenn róluk.
A ninják története egészen a régmúltba nyúlik vissza, a mondák világába. A krónikák szerint Jimmu, az első Japán császár, trónra kerülése előtt elküldte két hű szolgáját, hogy álruhát öltve hozzanak neki agyagot az ellenséges vonalak mögül. Majd az ebből készített edényeket felajánlotta az isteneknek és végül győzelemre vezette seregeit. Természetesen ezek az emberek nem nevezték magukat ninjáknak, ám a stratégiának köszönhetően, melynek alapján végrehajtották a küldetésüket, joggal tekinthetünk úgy rájuk, mint a ninjutsu első, írásos emlékű gyakorlóira.
Ahhoz, hogy történelmileg is hiteles képet kaphassunk, érdemes olyan ember elmondásaira támaszkodni, aki maga is a ninja hagyományokat követi.
Dr. Hatsumi Masaaki, a Togakure-ryu ninjutsu 34. nagymesterének az elbeszélései alapján a ninják olyan emberek voltak, akik a szigorú társadalmi normák közé szorított feudális Japán társadalomban szerették volna megőrizni függetlenségüket, és akik mindent megtettek azért, hogy békében élhessenek családjaikkal, harmóniában a természettel.
A mítoszok korától hosszú időnek kellett eltelnie, mire a ninjutsu egy kiforrott, jól definiálható rendszerré változott. Az évszázadok alatt sok hatás érte, valamennyi jelentősebb technikai és tudományos újítást beépítette repertoárjába.
A Togakure ryu jelenlegi nagymestere szerint az első emberek, akik jelentős befolyással bírtak a ninjutsu kialakulására, a Tang dinasztia idejében a háborús üldöztetés miatt szöktek át, az akkori Kína területéről Japán erdős-hegyvidékes tájaira, hogy békében élhessenek. Ezek között a menekültek között sok olyan hadvezér és egyházi ember volt, akik magukkal hozták a korban kimagaslónak számító hadviselésről és spirituális tanokról szerzett tapasztalataikat és tudásukat. Majd a helyiekkel – akik gyakran szintén a hatalom elől menekültek a járhatatlan vidékekre – összeolvadva hozták létre a ninjutsut.
